Studium der Chemie an den Universitäten Wien und Budapest (1917 - 1919). nach der Zulassung von Frauen zum Studium an technischen Hochschulen wechselte sie im Herbst 1919 an die TH in Wien. Dort legte sie 1921 ihre II. Staatsprüfung ab. Im Juli 1923 wurde sie als erste Frau an der TH in Wien zum Dr. techn. promoviert.

1926 heiratete sie den damaligen Assistenten Dr. Alexander Janke, im selben Jahr wurde eine Tochter geboren.

Ab Herbst 1921 war sie als vollbeschäftigte wissenschaftliche Hilfskraft (Assistentin) an der Hochschule beschäftigt, zunächst bei der Lehrkanzel für Anorganische Chemie (Prof. Bamberger), ab 1925 bei der Lehrkanzel für Organische Chemie (Prof. Böck). Im Mai 1932 wurde ihre Stundenzahl aus Ersparnisgründen (Österreich befand sich mitten in der Weltwirtschaftskrise) auf die Hälfte reduziert, mit September 1932 wurde sie wegen Unvereinbarkeit gekündigt, da ihr Ehemann zum o. Professor für Biochemische Technologie an ihrem Institut ernannt wurde.

Sie blieb jedoch weiterhin wissenschaftlich tätig, zwei Forschungsaufenthalte führten sie 1932/33 an das Tropeninstitut in Hamburg zu Gustav Giemsa und 1937 nach London. An der Lehrkanzel ihres Ehemannes arbeitete sie unentgeltlich mit.

1940 habilitierte sie sich als erste Frau an der TH in Wien für das Fach „ Organische Chemie mit besonderer Berücksichtigung der Biochemie“ und wurde 1941 zur Hochschuldozentin ernannt. In der Folge hielt sie Vorlesungen aus Biochemie, leitete Übungen und Praktika (als einzige damals an der Wiener Hochschule für diese Fachrichtung verfügbare Dozentin) und supplierte 1944/45 die Lehrkanzel, da ihr Mann wegen einer längerdauernden Erkrankung nicht in der Lage war, seine Pflichten zu erfüllen. Sie überwachte auch die Verlagerung von Teilen des Instituts zum Schutz vor Bombenangriffen. Dennoch hatte sie keine feste Anstellung und erhielt auch nur eine sehr geringe Vergütung für ihre Tätigkeit.

1945 wurde ihr wie allen Personen, die sich in der NS-Zeit habilitiert hatten, die Venia aberkannt. Damit entfiel der Rechtstitel, aufgrund dessen sie an der TH in Wien tätig gewesen war. Erst 1955 wurde ihr die Lehrbefähigung wieder zuerkannt. Sie nahm ihre Lehrtätigkeit neuerlich auf, 1959 wurde ihr – ebenfalls als erster Frau an der TH in Wien - der Titel einer a.o. Professorin verliehen. Sie hat bis zu ihrem Tod 1972 an der Hochschule Vorlesungen gehalten.

Margarete Jankes Forschungsschwerpunkt lag im Bereich der Biochemie, wobei sie sich zunächst für metallorganische Verbindungen und deren chemotherapeutische Wirkungen interessierte. Später wandte sie sich mikrobiologischen Fragestellungen zu. Ihre Habilitationsschrift  behandelte die Mannane. In ihren Forschungen arbeitete sie lange mit ihrem Ehemann, dem Professor für Biochemische Technologie Alexander Janke, zusammen.

Ausschlaggebend für Jankes wissenschaftlichen Werdegang waren sicher die historischen Umstände: ohne die Zulassung von Frauen zum Technikstudium wären ihre Forschungen vielleicht in eine andere Richtung gegangen (sie hat ja offenbar die chemisch-technische Ausrichtung bewusst gewählt, sobald es möglich war), die in der Zwischenkriegszeit offenbar noch geringe Verankerung der Biochemie an den Hochschulen dürfte für ihre Karriere förderlich gewesen sein. Der Verlust ihrer Anstellung 1932 konnte durch die Möglichkeit, weiterhin am Institut ihres Ehemannes weiter zu arbeiten, kompensiert werden, der Entzug der Venia 1945 aus politischen Gründen erwies sich für ihre Karriere jedoch als entscheidender Einschnitt.

Janke gehörte zwar zu jener Generation von Forscherinnen, die zuerst und vor allem für die Wissenschaft lebten. Dennoch war ihre berufliche Entwicklung nachhaltig durch ihre Zugehörigkeit zum weiblichen Geschlecht geprägt. In den 1930er Jahren büßte sie aus Gründen, die aus ihrem Status als Ehefrau abgeleitet wurden, ihre Möglichkeiten zu einer regulären und bezahlten Berufstätigkeit an der Hochschule ein. Ihr Versuch, dies durch Instrumentalisierung ihrer privaten Situation als Mitarbeiterin und Ehefrau eines Professors zu kompensieren, war nur bedingt erfolgreich, wenn er ihr auch erlaubte, sich zu habilitieren. Im Zusammenhang mit ihrem Entnazifizierungsverfahren ab 1945 lässt sich der Eindruck nicht von der Hand weisen, dass in ihrem Fall deutlich strengere Maßstäbe angelegt wurden als bei vielen männlichen Kollegen in ähnlicher Lage.

Dieses Thema hat sich für Margarete Janke offenbar nicht gestellt. Im Zweifelsfall hatte der Beruf wohl Vorrang.