Dem Sinn eines Forschungsreaktors entsprechend besitzt der TRIGA Mark-II eine Anzahl von Bestrahlungseinrichtungen:

• 5 Reflektor-Bestrahlungrohre
• 1 zentrales Bestrahlungsrohr
• 1 langsames Rohrpostsystem (Transportzeit 3 Sekunden)
• 4 Neutronenstrahlrohre
• 1 thermische Säule
• 1 Neutronen-Radiographieanlage

In den Reflektor-Bestrahlungsrohren können 10 Proben gleichzeitig bestrahlt werden. Im zentralen Bestrahlungsrohr können Proben bis zu einem Durchmesser von 38,4 mm bei der maximalen Neutronenflussdichte von 10¹³ cm^-2s^-1 den Neutronen ausgesetzt werden. Das Rohrpostsystem erlaubt es, von einem Chemielabor aus die zu aktivierenden Stoffe in den Reaktor zu schießen und nach der notwendigen Bestrahlungsdauer wieder in das Labor zurückzuholen, ohne das der Experimentator seinen Arbeitsplatz verlassen muss.